南師附中江寧分校為東南大學優質生源基地。2018年，學校與東南大學簽訂戰略合作框架協議，開啟兩校的深度合作。2019年7月，在2019級高一新生入學儀式上，學校張士民校長與東南大學王保平常務副校長為兩校戰略合作重點項目“東南大學基地班”揭牌。東南大學基地班的創建，將兩校聯合培養拔尖創新人才的合作推向更深層次。自東南大學基地班創建以來，學校與東南大學通力合作，構建了三年一體化課程體係，通過“走進東南大學”“學科拓展延伸”“東南大學先修課程” “學長導師指導”和“東南大學學科營”等係列課程，幫助學生感受大學文化、體驗科研過程、激發學科興趣、提高創新能力、樹立科學誌向，進而培養一批具有學科特長和創新能力的優秀高中生。

南京農業大學近期也向該校發來喜報，祝賀呂子健、嚴毅兩位同學榮獲學校三好學生一二等獎學金，呂子健、郭雨兩位同學保送攻讀研究生。

在百年附中文化和學校多元課程的濡染下，分校學子表現出“誠、樸、雄、偉”的可貴人格特征，進入高校後，發展後勁足，表現優異，成績顯著，贏得了高校和社會的廣泛讚譽。2014屆校友宋海翔、吳悠在共同創作獻給分校的歌曲《吉印大道1999號》時說：“在分校浸染過的孩子，身上都散發著分校的文化底蘊。”學校將繼續努力，為學生的成長搭建更多的平台，開辟更多的路徑和通道。